Regionalliga 2008/2009

	Verein	Sp.	S	U	N	Tore	Diff.	Punkte
1.	1. FC Heidenheim 1846	34	22	6	6	61:37	+24	72
2.	KSV Hessen Kassel	34	22	5	7	75:33	+42	71
3.	Eintracht Frankfurt II	34	19	9	6	61:35	+26	66
4.	SV Waldhof Mannheim	34	19	6	9	54:30	+24	63
5.	1. FC Nürnberg II	34	17	10	7	65:37	+28	61
6.	TSV 1860 München II	34	16	7	11	59:42	+17	55
7.	SSV Ulm 1846	34	13	14	7	55:35	+20	53
8.	SC Pfullendorf	34	14	8	12	50:48	+2	50
9.	SV Wehen Wiesbaden II	34	15	4	15	40:37	+3	49
10.	1. FC Eintracht Bamberg	34	12	8	14	50:61	−11	44
11.	SpVgg Greuther Fürth II	34	10	11	13	37:39	−2	41
12.	SSV Reutlingen 05	34	10	10	14	41:55	−14	40
13.	Viktoria Aschaffenburg	34	9	12	13	38:46	−8	39
14.	SC Freiburg II	34	11	5	18	46:63	−17	38
15.	SV Darmstadt 98	34	9	10	15	44:54	−10	37
16.	Karlsruher SC II	34	10	4	20	37:66	−29	34
17.	TSV Großbardorf	34	4	6	24	32:84	−52	18
18.	SpVgg Unterhaching II	34	4	5	25	35:78	−43	17

Die Partie SpVgg Unterhaching II – TSV 1860 München II wurde mit 0:2 gewertet.

Legende
	Aufsteiger in die 3. Liga
	Absteiger in die jeweilige Oberliga

Der TSV Großbardorf und Viktoria Aschaffenburg zogen ihre Lizenzanträge zurück und standen schon als Absteiger fest.